自动化系隶属内蒙古科技大学自动化与电气工程学院，已发展成为内蒙古地区自动化领域高水平人才培养和科技创新基地。

自动化系设置1个本科专业， 即自动化专业，其前身是“工业自动化”专业，1979年9月开始本科招生，学制四年。2008年，内蒙古招生办批准其为内蒙古自治区一本招生专业，同年本专业还被国家教育部批准为第三批高等学校特色建设专业；2011年教育部批准其为第二批“卓越工程师教育培养计划”本科专业；2015年成为自治区重点建设专业；2019年被评为自治区一流本科专业。

自动化作为内蒙古自治区的品牌专业，现拥有控制科学与工程1个一级学科硕士学位授权点和控制工程1个专业工程硕士授予点，其中“控制科学与工程”为自治区级重点一级学科。目前，该一级学科下设“复杂过程建模与运行优化”、“模式识别与智能系统”、“新能源智能感知与自主控制”三个研究方向。

自动化系现有专业教师19人，其中正高级职称教师2人，副高级职称教师10人，中级职称教师7人；具有博士学位的教师6人，硕士以上学位的教师17人。本专业师资队伍教学科研实力雄厚，“自动化专业教学团队”为自治区优秀教学团队；教师队伍成员中，入选“内蒙古自治区突出贡献专家”1人、内蒙古自治区教学名师1人、自治区“草原英才工程”1人、“鹿城英才”2人。近年来，承担完成了国家级和省部级教研科研项目30余项，获自治区教学成果奖3项——2009年一等奖、2013年三等奖，2018年二等奖；获自治区自然科学二等奖1项；申请专利9项；已发表学术研究论文100余篇。

自动化系在本科教学上有优良的传统和雄厚的基础，一直在培养环节中落实“厚基础、宽口径、强实践、重创新”的理念，充分体现本专业发展特点。近年来，随着新工科建设和教学改革的不断深入，自动化系根据国家战略性新兴产业的需求和地区域经济发展，把握自动化专业发展前沿，结合工业互联网+，中国智能制造，机器人与人工智能，拓宽专业方向。在培养计划上，2018年对本科培养方案和教学计划进行了重要调整，突出了主干课程，加强了实践教学环节，构建了具有自动化专业特点的核心课程体系。在培养模式上，进一步丰富了教学资源和教学手段，有力地促进了学生解决复杂工程问题能力的培养。

自动化系一贯高度重视研究生教育教学，秉持优良的教学传统，在多年的研究生教育教学过程中，不断深化改革，积极开展多项研究生教育教学改革项目，深入开展研究生课程体系建设和课程改革，推动研究生实践平台建设，创新专业学位研究生培养机制，激励研究生进行科学研究，提升研究生的培养质量。

自动化系拥有“内蒙古自治区高等学校流程工业综合自动化重点实验室”；与包头铝业（集团）有限责任公司共建“国家级工程实践教育中心”；智能车、机器人、基于西门子的工业网络+智能制造3个创新能力培养平台，为优秀学生个性化发展提供空间。近三年来，自动化专业学生在各类科技创新赛事中获得省级以上奖励60多项，参与100多人次。

本专业毕业生在自动化技术应用领域就业率始终保持较高水平，就业面宽，就业前景广阔，主要在各行业自动化领域从事控制系统的设计开发、运行维护、升级优化、管理和经营等工作；许多学生考取985、211院校研究生，继续深造学习。